El objetivo de la etapa de caracterización es describir el estado de los componentes natural, social y económico, organizado este último por cada uno de los sectores productivos identificados en el estado de Oaxaca.
Los objetivos estratégicos que se plantean para la etapa de caracterización son: Describir los ecosistemas y recursos naturales (distribución, cantidad y estado de conservación), describir los componentes sociales del área de estudio, describir los componentes económicos del área de estudio, elaborar la clasificación supervisada de la imagen satelital para generar el uso de suelo y la vegetación, identificar y describir los atributos ambientales e interese sectoriales a través de mecanismos de participación social y jerarquizar los atributos ambientales. Los primeros cuatro objetivos se atendieron a través de la recopilación y el análisis de la información y los dos últimos se cumplieron mediante la participación sectorial en los 5 talleres Regionales realizados.
En el modelo general de ordenamiento la atapa de caracterización contempla los insumos de la agenda ambiental y los productos generados en el análisis de la información por los componentes del grupo técnico consultor.
La integración del documento de caracterización se define mediante la relación reversible de recursos y factores de riesgo ambiental con los sectores que participan en el territorio, en esta relación el desarrollo del sector puede tener efectos adversos o impactar en la disponibilidad del recurso, o bien, el recurso favorece o potencializa la realización de las actividades sectoriales de manera sustentable en el territorio. Este último se encuentra definido de acuerdo a la distribución administrativa del Estado de Oaxaca.
Los recursos estratégicos que se contemplan son: agua, biodiversidad y uso de suelo. Los factores de riesgo ambiental son: hidrometeorologicos, inundación, sismos, erosión, deslizamiento e incendios. Los cuales se relacionaron con los sectores: urbano, agropecuario, turismo, industria, acuacultura-pesca, minería, forestal, ecoturismo y conservación.